距圣誕節(jié)僅有8天時(shí)間，SOS團(tuán)在涼宮春日的號(hào)召下策劃圣誕狂歡派對(duì)。12月18日早晨，阿虛發(fā)現(xiàn)世界發(fā)生劇變：1年9班消失不見，朝比奈學(xué)姐形同路人，已故的朝倉(cāng)代替涼宮坐在教室后排，而春日如同人間蒸發(fā)無人知曉。在SOS團(tuán)教室角落里，他發(fā)現(xiàn)性格大變的長(zhǎng)門有希——這位原本冷若冰霜的信息統(tǒng)合生命體監(jiān)視者，此刻卻怯懦害羞。通過長(zhǎng)門遺留的線索，阿虛意識(shí)到世界已被重組，并發(fā)現(xiàn)自己是唯一保留原初記憶的人。當(dāng)?shù)弥獩鰧m因孤獨(dú)許愿重塑世界后，阿虛憑借時(shí)間跳躍能力穿梭于兩個(gè)時(shí)空之間。在必須做出抉擇的關(guān)鍵時(shí)刻，他選擇犧牲當(dāng)前世界的和平現(xiàn)狀，通過時(shí)間回溯使涼宮春日重新成為世界核心存在。當(dāng)記憶逐漸恢復(fù)時(shí)，長(zhǎng)門在兩個(gè)世界的夾縫中露出神秘微笑——這個(gè)舉動(dòng)暗示著信息統(tǒng)合生命體對(duì)人類情感的微妙理解。