身為博學派的領導人，珍寧（凱特·溫絲萊特飾）對分歧者翠絲（謝琳·伍德蕾飾）和老四（提奧·詹姆斯飾）展開無情追殺，翠絲的父母在逃亡過程中為保護女兒犧牲生命。兩人輾轉尋求各派系支持，意外發現被壓迫的無派系群體因反抗意識覺醒成為革命主力。老四失散多年的母親伊芙琳（娜奧米·沃茨飾）作為反抗軍首領出現，但其激進手段與隱藏動機引發兒子質疑。翠絲通過父母遺留線索發現關于分歧者基因實驗的關鍵秘密，該發現不僅能揭露博學派的控制真相，更成為瓦解珍寧政權的核心籌碼。為獲取更多情報，翠絲冒險潛入敵方中樞，在高度戒備的博學派總部與珍寧展開心理博弈，同時逐步接近母親曾參與的分歧者研究計劃真相。反抗軍與博學派的軍事對峙在芝加哥城市廢墟中全面升級，各方勢力圍繞分歧者基因密碼展開最終爭奪。