東南亞偷渡客藏匿的集裝箱被運抵韓國港口，僅一名垂死男子逃出后引發致命豬流感疫情。單身母親、醫生金仁海（秀愛飾）因車禍丟失研究資料遭上司斥責，同時發現蛇頭弟弟的異常病例后追溯至致命集裝箱。消防員姜智久（張赫飾）在救援行動中與金仁海產生交集，其所在消防部門被緊急調派至防疫封鎖區。隨著病毒以空氣傳播方式指數級擴散，政府啟動《傳染病防治法》最高級別響應，將疫情城市劃為軍事管制區。姜智久意外發現幸存偷渡者攜帶的病毒抗體樣本，與金仁海合作破解病原體基因序列，在軍方實施焚城計劃前完成疫苗量產。兩人最終在隔離區解封時相視而立，身后電子屏顯示累計確診12786例、死亡309人。