警官黃偉（梁家輝飾）被借調調查涉及警員犯罪的案件，為搜集證據冒險入獄。火燒島典獄長（柯俊雄飾）治下的監獄充斥暴力與不公，黃偉結識室友小朱（庹宗華飾）和因思念兒子多次越獄的劉世杰（洪金寶飾），并經歷幫派人物大林（高捷飾）的入獄洗禮。臺球選手大錘（成龍飾）因誤殺幫派大哥鋼珠（劉德華飾）之弟入獄，大林受命復仇遭獄中大哥桂老大（王羽飾）調解。黃偉、大錘等四人被典獄長吸收進入"清風隊"，執行暗殺任務時，黃偉發現追查的幕后真兇竟是典獄長與桂老大勾結警界高層進行販毒洗錢的犯罪網絡。為揭露真相，黃偉聯合囚犯對抗腐敗勢力，在最終沖突中典獄長被擊斃，桂老大引爆炸藥與眾人同歸于盡。