這是五十年后的未來(lái)，世界被"神"吞噬殆盡而荒蕪的架空故事。由于遭到突如其來(lái)的怪物"荒神"的破壞而失去平衡，人類文明既有的兵器都因荒神的"捕食"本能而無(wú)效化。生化科技企業(yè)"芬里爾"成功利用荒神細(xì)胞開(kāi)發(fā)出名為"神機(jī)"的生物兵器，并通過(guò)與荒神細(xì)胞同步賦予使用者超常力量，同時(shí)組織了特殊部隊(duì)"GODEATER"。自此人類獲得對(duì)抗荒神的力量，追求知性之極致的荒神與追求物種延續(xù)的人類間的戰(zhàn)爭(zhēng)就此展開(kāi)。GODEATER的任務(wù)是擊退靠近地下居住區(qū)的荒神，并帶回其核心與素材。在破滅的盡頭，究竟是神會(huì)先成為人還是人會(huì)先成為神的競(jìng)爭(zhēng)中，主角作為新任GODEATER隊(duì)員加入戰(zhàn)斗。最終人類通過(guò)解析荒神之母"YHVH"的基因密碼，成功開(kāi)發(fā)出能徹底消滅所有荒神的終極兵器"諾亞方舟系統(tǒng)"，在犧牲部分隊(duì)員的情況下完成最終殲滅戰(zhàn)，為這場(chǎng)持續(xù)數(shù)十年的生存戰(zhàn)爭(zhēng)劃下句點(diǎn)。