《決斗大師LOST～追憶的水晶～》改編動畫以系列核心卡牌對戰為背景，講述少年主角團在神秘遺跡中意外觸發封印水晶后，被卷入古代文明遺留的「星脈」能源爭奪戰。為阻止黑暗勢力利用水晶毀滅現實世界，主角與伙伴們踏上穿越異界大陸的冒險，在解謎遺跡機關、挑戰守護獸的過程中逐步覺醒「共鳴之力」，并發現水晶封存著千年前初代決斗王與混沌意識體決戰的真相。動畫以團隊協作為重要轉折點，通過多場高燃卡牌對決最終實現水晶凈化，揭示「星脈」本質實為連接不同時空決斗者意志的紐帶這一核心設定。