かつて、突如として現(xiàn)れた正體不明の敵?アンノウン。「超進(jìn)化鉄道開(kāi)発機(jī)構(gòu)」通稱「ERDA（エルダ）」は、対抗手段として新幹線が変形するロボット「シンカリオン」を開(kāi)発し、脅威に備えていた。「何かを守れる、カッコイイ人に…僕は…」中學(xué)２年生の大成タイセイは、2年前に失蹤した姉の手がかりを求めて、進(jìn)開(kāi)學(xué)園中等部に転入する。その矢先、10年ぶりにアンノウンが出現(xiàn)。偶然にもタイセイがシンカリオン運(yùn)転士として高い適性値を持つことが判明し、闘う決斷を迫られることとなる。アンノウンの正體、そして目的は何なのか…。闘いの末に見(jiàn)えてきた真実とは…。少年たちの決意と成長(zhǎng)の物語(yǔ)が、今、始まる―。