據IGN報道，《尼爾：自動人形Ver1.1a》已決定制作第二季，并公布了第二季預告。西歷5012年。突然入侵地球的外星人與其制造的機械生物導致人類面臨滅亡危機。僅存的人類逃至月球，為了奪回地球，利用人造人士兵展開反攻作戰。然而無限增加的機械生物阻擋在前，戰爭陷入膠著狀態。作為最終兵器，人類派遣新型人造人「寄葉」部隊至地球。剛被派往地球的「2B」與先行調查員「9S」會合，一同執行任務，卻在途中遇見許多神秘難解的現象……