故事發生在未來世界，神秘生命體"HUGE"的突然出現使人類瀕臨滅絕。各國聯合研發出專用武器，并由被稱為莉莉的少女們操縱作戰，全球建立培養莉莉的專門學校"花園（Garden）"。百合丘女學院作為日本代表校之一，迎來了擁有特殊感應能力的轉學生一柳梨璃（赤尾光配音）。在此她與個性冷傲的白井夢結（夏吉優子配音）、出身名門的戰術指揮官努韋爾（井澤美香子配音）、學識淵博的二川二水（西本里美配音）等同伴相遇。各Garden間既存在競爭又需協作對抗HUGE威脅，莉莉們在高強度訓練和實戰中不斷突破極限。隨著敵對組織的介入與新型HUGE的出現，少女們逐漸發現這場生存戰爭背后潛藏的更深危機。