在不久的將來，地球變得荒涼和危險。一種神秘生物占據地表后，人類被迫遷居空中人造城市"天空方舟"。隨著人口激增和資源緊張，統治階層開始驅逐貧民與孤兒至地面廢墟。前指揮官之子拉各斯目睹同伴遭受流放，決心反抗不公體制。他與伙伴穿越遍布外星生物的末日荒野，在尋找重返方舟之路的過程中，意外發現統治集團為維持特權而刻意制造生存危機的真相。少年團隊通過破解外星生物基因密碼，摧毀了方舟防御系統的核心控制裝置，迫使統治者放棄種族隔離政策。最終人類得以在重獲和平的地球重建文明，終結了持續二十年的空中流亡史。