不久的未來，人類社會(huì)在政治、宗教、資源與環(huán)境等矛盾中維持著脆弱繁榮。突如其來的變異生物"哈提安"軍團(tuán)隨洋流席卷全球，其起源可追溯至宇宙中漂浮的未知生命體。國際聯(lián)合組織N.I.D.F.迅速成立，通過搭載反物質(zhì)武器的巨型戰(zhàn)艦"方舟"展開全球性防御作戰(zhàn)。2015年，前N.I.D.F.成員真田隆三帶領(lǐng)民間調(diào)查團(tuán)隊(duì)"紅烏鴉"介入作戰(zhàn)，發(fā)現(xiàn)哈提安具有集體意識(shí)且持續(xù)進(jìn)化。隨著調(diào)查深入，團(tuán)隊(duì)成員接連犧牲，反物質(zhì)武器對(duì)新型哈提安失效等危機(jī)頻發(fā)。最終N.I.D.F.艦隊(duì)全軍覆沒，方舟核心被哈提安同化。真田在揭示哈提安實(shí)為宇宙生命體"死者之書"的具象化載體后，與幸存者啟動(dòng)方舟自毀程序，在反物質(zhì)爆炸中終結(jié)了這場跨越星際的物種戰(zhàn)爭。