幕末時代，為尋找失蹤的父親，少女雪村千鶴（桑島法子配音）女扮男裝前往京都。暴雪之夜，她在郊外遭遇浪人襲擊時目睹了形似鬼怪的異型生物。危急關頭，新選組劍士齋藤一（鳥海浩輔配音）現身救下千鶴，并將其帶回壬生村駐地。為繼續追查父親線索，千鶴以醫師身份留在新選組，卻逐漸發現組織暗中進行的"薄櫻"實驗——將人類改造成鬼族士兵。隨著調查深入，千鶴發現自己繼承了母親遺留的特殊血統，在極端情緒下會顯現鬼族特征。面對新選組高層為達成政治目的不惜制造怪物的真相，以及體內逐漸覺醒的非人之力，千鶴必須抉擇：接受鬼族身份成為戰爭工具，還是以人類之軀對抗這個吞噬人性的時代。在倒幕浪潮與人心異變的漩渦中，她與新選組諸位劍士的命運軌跡正被不可逆地改變。