《AKite》故事結束數年后，在宇宙空間站執行任務的野口折外與隊員抱怨著太空食品，他委托營養員土井光一將生日禮物轉交女兒野口百合花。與此同時，地球某城市警員我賀倫圍堵連續殺人犯追音香衣時遭遇僵局，身著制服的神秘少女突然現身開槍擊斃罪犯并解救了人質。無人知曉野口折外寄出的禮物與少女的身份存在關鍵關聯，隨著空間站物資運輸線路異常、地球治安系統漏洞頻現等連鎖反應浮現，兩個時空的暗線逐漸交織，牽動著后續關于基因實驗、記憶移植與宿命抉擇的核心矛盾。