怪盜基德以華麗手法和預告狀聞名，其真實身份是江古田高校二年級生黑羽快斗。在發現父親盜一的秘密房間后，他得知身為初代怪盜基德的父親因追查神秘組織而遭殺害。繼承父親衣裝成為二代基德的快斗，此次將目標鎖定鈴木財閥收藏的傳說藍寶石“Blue Wonder”。面對相談役鈴木次郎吉以寶物為餌的挑釁，基德在嚴密警備中展開行動。工藤新一（柯南）通過推理識破基德手法，雙方圍繞寶石展開智斗。特別篇通過新影像串聯基德誕生背景與柯南的初次正面對決，呈現月下奇術師與名偵探之間交織命運的關鍵戰役。