本片是完全原創故事，超級英雄們不再是熟悉的樣子。超人成為佐德將軍的養子，在氪星毀滅后統治了地球；蝙蝠俠實為吸血鬼刺客卡爾頓·克羅克，以黑暗手段維護哥譚秩序；神奇女俠則是天啟星流亡者，承載著"新神"的神秘力量。正義聯盟全體成員因科學家塔尼亞·馬洛遇害案遭到陷害，被迫在輿論譴責中展開獨立調查。隨著追查深入，他們發現案件與萊克斯·盧瑟秘密資助的"超人類實驗計劃"存在關聯，而幕后黑手正試圖通過嫁禍聯盟制造全球恐慌。三位性格迥異的英雄在破解陰謀過程中，不僅要直面各自身份帶來的道德困境，還要對抗妄圖抹除所有知情者的神秘勢力。最終通過揭露實驗基地的真相，他們成功洗清罪名并終止了針對超人類群體的系統性迫害。