初音島風見學園新聞部部長森園立夏（新田惠海配音）在畢業(yè)季來臨之際，為應對非官方部的挑戰(zhàn)，決定以傳說中永不凋零的櫻花樹與魔法為主題籌辦特刊。作為新聞部唯一的男性成員，芳乃清隆（小野友樹配音）被委以重任，在調查過程中與溫柔體貼的芳乃夏露露（宮崎羽衣配音）、青梅竹馬的葛木姬乃（佐佐木未來配音）、傲嬌認真的瑠川紗羅（櫻咲千依配音）以及體弱內向的陽之下葵（海保繪果配音）共同探索學園秘辛。隨著對櫻花樹魔法真相的深入挖掘，眾人逐漸揭開與前作角色芳乃繪里等舊日羈絆相關聯的奇幻因果鏈，而這場跨越時空的情感糾葛最終通過畢業(yè)特刊的形式得以具象化呈現。