圣杯是傳說中可實現持有者一切愿望的寶物。而為了得到圣杯的儀式就被稱為圣杯戰爭。參加圣杯戰爭的7名由圣杯選出的魔術師被稱為Master，與7名被稱為Servant的使魔訂定契約。他們是被分為七個職階召喚的英靈，以從者身份參與這場為爭奪圣杯而展開的廝殺。衛宮切嗣的養子衛宮士郎因意外與代表劍之騎士職階的Saber締結契約，被迫卷入這場宿命之戰。隨著戰斗推進，士郎逐漸發現圣杯戰爭背后的真相：這場延續數百年的儀式實為通向"此世之惡"的通道，而大圣杯本身正是污染所有參與者的詛咒根源。為阻止災難性結局，士郎與Saber選擇直面衛宮切嗣遺留的悲劇宿命，在最終決戰中聯手摧毀了已被污染的大圣杯系統，使冬木市的圣杯戰爭隨著第三魔法爐心的崩潰而終結。