靜靜的宇宙中，一艘名為"貝蒂"的太空船正載著數(shù)十名被麻醉冷凍的人類飛向荒廢的殖民地星球"御夫座"，這些人類即將成為異形女皇兩百年前遺留的蟲卵宿主。基因中混入異形DNA的雷普莉（西格妮·韋弗飾）作為女王轉世的人類異形，具備超常力量和半透明皮膚特征。船上年輕的工程師考爾（薇諾娜·瑞德飾）暗中策劃破壞計劃，試圖阻止異形孵化。當飛船抵達目的地后，眾人發(fā)現(xiàn)殖民地已淪為異形巢穴，失控的孵化程序導致大量新生異形破體而出。雷普莉體內(nèi)基因開始異變，她與異形族群的生物感應使雙方展開致命對峙。在考爾和生化人畢肖普（布拉德·道里夫飾）協(xié)助下，雷普莉利用自身特性滲透蟲巢核心。最終通過引爆殖民地核反應堆的方式摧毀整個異形種群，代價是雷普莉選擇與即將孵化的女王同歸于盡。幸存者乘坐逃生艙離開時，雷普莉以異形形態(tài)在太空中漂浮的身影成為電影最后畫面。