九重天危機(jī)后世界恢復(fù)安寧景象。現(xiàn)代社會中手機(jī)、電腦等電子設(shè)備成為生活必需品，網(wǎng)絡(luò)信號覆蓋全球的同時催生了大量沉迷者，由此引發(fā)的生理疾病、心理問題及道德敗壞現(xiàn)象成為社會頑疾。病毒機(jī)械獸趁機(jī)入侵地球，散播黑晶物質(zhì)，這些如蒲公英般的黑色晶體滲入電子設(shè)備屏幕，在吸收能量后吞噬使用者，將普通人轉(zhuǎn)化為黑士兵，而沉迷網(wǎng)絡(luò)或存在網(wǎng)絡(luò)惡習(xí)者則異化為機(jī)械獸。神獸金剛戰(zhàn)隊(duì)成員們發(fā)現(xiàn)超能晶甲蘊(yùn)含特殊凈化能量，通過與黑晶污染源展開對抗，在化解機(jī)械獸威脅的過程中逐步修復(fù)被侵蝕的網(wǎng)絡(luò)生態(tài)，最終通過團(tuán)隊(duì)協(xié)作與科技力量恢復(fù)現(xiàn)實(shí)世界的平衡。