在遙遠的過去，一群厭倦永生的神明創造了蘊含世界真理的終極益智游戲《諸神的游戲》，隨后沉入冰封長眠。三千年時光流轉，前神明少女レオレーシェ從冰中蘇醒，面對早已遺忘神性的人類世界，她宣布要尋找"這個時代最會玩的人"。被選中的天才游戲玩家フェイ本是人類使徒組織中被譽為"近年最強新人"的少年，他意外發現自己竟能解讀神明設下的謎題。兩人結成異質搭檔，在神明們設計的致命游戲場中展開挑戰——每一道謎題都關乎文明存續，每一次失敗都將引發現實崩塌。隨著與高踞云端的至高神明展開跨維度博弈，レオレーシェ隱藏的神性記憶與フェ伊特殊的解謎天賦逐漸揭開三千年前神明退場之謎，而這場跨越時代的智力對決背后，潛藏著足以顛覆存在本質的真相。