故事設定在《CODEGEASS反叛的魯路修》主線劇情結束后的四年，講述了兩名以高超武藝聞名的傭兵亞修與羅瑟的故事。兩人受雇于各類委托，在執行任務過程中逐漸接近某場涉及前帝國殘余勢力與新興反抗組織的陰謀。亞修的真實身份實為曾繼承Zero之名的前黑色騎士團成員基諾巴德，其背負著尋找失散戰友并守護魯路修遺產的使命；羅瑟則作為前帝國特殊部隊"圓桌騎士"幸存者，始終在追查導致舊體制覆滅的關鍵真相。當他們意外卷入圍繞神秘遺跡展開的爭奪戰時，不得不直面被刻意掩埋的歷史真相與尚未終結的命運羈絆。