《太乙仙魔錄之靈飛紀》以明代為背景，講述玄門與魔道延續數千年的對立。昆侖山作為前兩次仙魔決戰之地，曾見證南極帝君與紫薇女帝協助玄門擊退魔道的壯舉，為中元界贏得和平。轉世后的南極帝君化身小皇帝朱允炆，紫薇女帝則重生為玄門弟子冷霜凝。隨著玄門內部動蕩加劇，魔道勢力借機滲透，第三次昆侖大戰一觸即發。此番劫難因神秘力量的介入更趨復雜，陰陽失衡危及中元界存續。朱允炆與冷霜凝在化解玄門內患過程中，逐步覺醒前世記憶并肩抗敵，二人身負的宿命羈絆與昆侖山千年因果交織，終將揭開左右正邪勝負的關鍵真相。