白賴仁（李子雄飾）作為國際犯罪集團首領，為實現控制人類的野心，指使殺手虎大介殺害菊池博士并奪走蘊含生物武器配方的"赤盒"，卻因無法破解機關轉而綁架掌握解鎖密碼的音樂家高比（黃子華飾）。菊池弟子女忍者香為復仇追殺高比，而忍術大師芭蕉則派遣愛徒小靈（黃圣依飾）暗中保護。三方勢力激烈交鋒中小靈突圍成功，芭蕉夜探白府盜盒失敗遭虎大介殺害，連帶村民慘死。高比以自刎逼迫白賴仁終止暴行后，用樂曲解開了"赤盒"秘密。當眾人發現所謂控制人類的秘笈實為生物武器配方時，小靈與女忍者香聯手摧毀了核心裝置，虎大介在最終對決中被擊斃。白賴仁的陰謀雖告破產，但高比為守護秘密選擇繼續浪跡天涯。