《薄櫻鬼碧血錄》承接第一季劇情，講述土方歲三率領(lǐng)新選組轉(zhuǎn)移至江戶(hù)后，在明治維新時(shí)代更迭的浪潮中，武士刀逐漸被槍炮取代的歷史背景下，新選組成員被迫剪短發(fā)、換洋裝以適應(yīng)現(xiàn)代化戰(zhàn)爭(zhēng)。動(dòng)畫(huà)著重刻畫(huà)土方線這條最為艱辛的敘事主線——作為德川幕府與武士道精神最后的堅(jiān)守者，土方目睹了新選組從巔峰走向覆滅的全過(guò)程：近藤勇遭斬首、沖田總司病逝以及眾多戰(zhàn)友陣亡的殘酷現(xiàn)實(shí)。歷史軌跡與漫畫(huà)設(shè)定交織下，土方在鳥(niǎo)羽伏見(jiàn)之戰(zhàn)中率隊(duì)抵抗倒幕軍，最終于箱館五棱郭戰(zhàn)役中戰(zhàn)死，以生命踐行武士道信念。動(dòng)畫(huà)通過(guò)土方視角濃縮呈現(xiàn)了幕末動(dòng)蕩中舊時(shí)代武士集體命運(yùn)的悲劇性終結(jié)。