數(shù)年前，人類通過超級戰(zhàn)艦"轟天號"在南極擊潰并封印了哥吉拉，但地球防衛(wèi)部隨即面臨其他怪獸對都市的威脅。艦長道格拉斯·戈登上校領(lǐng)導(dǎo)的防衛(wèi)部隊中，擁有特殊能力的"超人類"尾崎真一少尉因攜帶M染色體成為對抗怪獸的主力。當(dāng)機械生物復(fù)合體蓋剛被挖掘出土后，嬰兒島小美人發(fā)出警告：這標志著人類危機的開始。蓋剛復(fù)活的同時，全球怪獸同步襲擊地球防衛(wèi)部，在神秘外星勢力"X星人"操控下，這些生物被證實是侵略者精心準備的生化武器。X星人以虛假的星球撞擊危機為借口，企圖通過奴役人類建立統(tǒng)治秩序。在轟天號成為最后抵抗力量時，道格拉斯提出釋放南極封印的哥吉拉作為終極對抗手段。通過尾崎真一與轟天號團隊協(xié)作，地球原生怪獸力量最終被喚醒，在決戰(zhàn)中擊潰X星人艦隊并驅(qū)逐所有入侵者，重新確立了地球生物鏈的平衡秩序。