本片講述了一段跨越性別與物種的愛情故事。因父母離異，川內洲（梶裕貴配音）自幼與祖父相依為命。祖父去世當日，他在海邊失足落水時被神秘人魚所救，并將對方命名為ISAKI（綠川光配音）。洲將人魚帶回公寓共同生活，兩人在朝夕相處中逐漸建立深厚羈絆。原本孤獨封閉的洲因此變得開朗，與同學的關系也日漸融洽。隨著學校文化祭籌備工作進入高潮，洲的社交生活愈發充實，長期獨處的人魚ISAKI卻因感受到被疏離而產生離開的念頭。某夜洲歸家時發現ISAKI已消失無蹤，只留下象征海洋生物特殊能力的鱗片。此時洲才驚覺自己早已將ISAKI視作無可替代的存在，開始踏上尋找人魚的旅程。