小智（松本梨香配音）、小剛（上田祐司配音）、小霞（飯塚雅弓配音）在奧多馬雷參加水上競賽時，意外卷入盜賊姐妹（釋由美子配音）對守護圣物"心靈水滴"的爭奪。這座水都流傳著古老傳說：曾有兄妹化作神獸拉帝歐斯與拉帝亞斯擊敗邪魔，將蘊含神秘力量的心靈水滴留給后人。盜賊姐妹為奪取寶石追蹤拉帝亞斯（折笠富美子配音），與小智一行產生沖突。隨著危機升級，拉帝歐斯突然現身對抗邪魔殘影，揭露盜賊姐妹的陰謀與百年前災難的關聯。為阻止貪欲引發的水都崩塌，小智通過心靈水滴與拉帝亞斯建立羈絆，在競技場決戰中喚醒真正的守護之力，最終讓邪魔與神獸的宿命對決迎來全新結局。本片為神奇寶貝系列第五部劇場版，石冢運升、神田宇野等參與重要角色配音。