當神秘戰士斯卡因伊修瓦爾戰爭中煉金術師的暴行而展開復仇時，失去右臂與左腿的國家煉金術師愛德華·艾爾利克與其弟阿爾馮斯正深陷尋找賢者之石的困境。隨著人造人首領"父親"啟動吞噬世界的計劃，霍蒙克魯斯七宗罪化身接連現身戰場，試圖阻止真相揭露的軍事高層更將兄弟二人冠以叛國罪通緝。被迫與斯卡暫時結盟的愛德華發現，對方掌握著能摧毀人造人核心的滅卻魔法，而阿爾馮斯體內隱藏的靈魂秘密正是"父親"完成最終進化的關鍵。在中央大總統府地下的真理之門即將被強行開啟之際，兄弟必須以血肉為代價換取逆轉世界的力量，終結這場橫跨二十年的煉金術戰爭。