見瀧原市的魔法少女鹿目圓、美樹沙耶香、巴麻美和佐倉杏子持續守護著城市，與人類靈魂產生的夢魘對抗。轉學生曉美焰的加入讓五位魔法少女結成更深羈絆，共同化解接連危機。曉美逐漸察覺世界存在異樣，與杏子前往風見野探查時發現被困于魔女結界內。隨著循環往復的時間悖論與扭曲現實加劇，少女們在愛欲幻象中迷失方向。曉美因對小圓超越生死的執念，為逃避既定命運創造特殊結界，并在QB引導下逐步覺醒魔女身份。當巴麻美意外死亡觸發連鎖反應，曉美徹底墮入混沌成為支配者。最終鹿目圓繼承QB契約體系核心，在虛數空間直面曉美焰的叛逆意志，以自我獻祭重構因果律，在輪回悖論中再度拯救摯友。