《學(xué)園特搜》以接連發(fā)生學(xué)生自殺事件的私立圣光學(xué)院為舞臺(tái)，講述特工少女四方堂光與搭檔Hikaru On轉(zhuǎn)入該校后展開的秘密調(diào)查。隨著靈異現(xiàn)象頻發(fā)，兩人發(fā)現(xiàn)校內(nèi)存在神秘組織通過腦波控制裝置誘導(dǎo)學(xué)生自殺的陰謀。在破解超自然現(xiàn)象與科學(xué)詭計(jì)交織的案件過程中，特搜組成員既要維持校園日常秩序，又要對(duì)抗試圖掩蓋真相的秘密結(jié)社。故事通過連環(huán)案件揭露校方與秘密企業(yè)合作進(jìn)行非法腦科學(xué)實(shí)驗(yàn)的主線，最終在多方勢(shì)力交鋒中摧毀地下實(shí)驗(yàn)室并解救被控制的學(xué)生。核心沖突圍繞科技倫理與人性尊嚴(yán)的對(duì)抗展開，同時(shí)保留校園青春群像的成長(zhǎng)線索。