宇宙中熊貓星球的太空熊貓為守護家園與黑暗宇宙天狼鼠展開決戰，意外引發宇宙大爆炸。能量漩渦將太空熊貓卷入地球，他在此結識了人類伙伴小泰、小尚，并與六福星球的基因寶貝啾啾馬、哞哞牛等六個萌獸共同經歷冒險。天狼鼠在大爆炸中化作能量隕石墜落六福星球，與黑精鼠合體后成為能力倍增的基因怪獸，將太空熊貓解體為五個分身。眾人穿越時空跨越金木水火土五重能量空間，與黑精鼠及五大鼠王展開激戰。通過團隊協作破解基因密碼、激活元素能量，最終重組太空熊貓本體并消滅變異怪獸。六福星基因寶貝與地球伙伴告別后，太空熊貓重返熊貓星球繼續履行守護使命。