2043年7月1日，犯罪大王將軍（盧惠光飾）被捕后派出手下健（鄭伊健飾）穿越時空，試圖對主審法官余鐵雄（張衛健飾）實施洗腦以阻止審判。政府派遣飛龍特警鐵面（劉德華飾）、掃帚頭（張學友飾）及發達星（任達華飾）穿越至1993年執行保護任務。時值大雄（張衛健分飾）作為留級生在中學飽受欺凌，唯有女友采妮（楊采妮飾）對其不離不棄。特警三人組以不同身份潛入校園：掃帚頭擔任教師，鐵面偽裝成大雄同學，發達星則充當其跟班。他們協助大雄反擊霸凌者余忌安（許志安飾）并套取鐵雄信息，卻得知校內并無此人。與此同時健亦偽裝教師身份滲透學校伺機行動，而大雄生母正準備與理查德余（吳耀漢飾）再婚。隨著時空干預計劃逐步展開，特警與反派圍繞改變歷史的關鍵行動在校園內激烈交鋒。