哥斯拉破壞日本多年，〈G對(duì)策總部〉發(fā)明黑洞炮對(duì)付。但實(shí)驗(yàn)出意外，引來(lái)古代巨大昆蟲超翔龍重現(xiàn)，并攻擊哥斯拉。日本成了哥斯拉、超翔龍及人類三方的戰(zhàn)場(chǎng)。為阻止兩巨獸肆虐，G對(duì)策總部指揮官赤坂與科學(xué)家團(tuán)隊(duì)在東京灣秘密啟動(dòng)黑洞炮裝置，試圖將哥斯拉引入地核陷阱。超翔龍因機(jī)械改造系統(tǒng)失控，在與哥斯拉激烈廝殺的同時(shí)持續(xù)破壞城市，最終被赤坂團(tuán)隊(duì)重新編程協(xié)助作戰(zhàn)。經(jīng)過(guò)慘烈對(duì)決，黑洞炮成功將兩巨獸一同吸入地心封印，但東京都心部已化為廢墟。