突然出現(xiàn)在人類面前的神秘飛翔體“災(zāi)”憑借壓倒性戰(zhàn)力凌駕于所有航空戰(zhàn)力之上，人類為此開發(fā)出對現(xiàn)有機(jī)體進(jìn)行特別調(diào)整的“子體”兵器，并搭載名為“阿尼瑪”的少女型操縱機(jī)構(gòu)。因目睹母親作為飛行員死于災(zāi)之手而心懷陰影的少年鳴谷慧，在升入航空特殊防衛(wèi)科所屬的阿比多斯學(xué)園后，意外邂逅了搭載瑞典制戰(zhàn)斗機(jī)“格里芬”的阿尼瑪少女。這位自稱擁有最強(qiáng)戰(zhàn)力卻因失控風(fēng)險(xiǎn)而缺乏實(shí)戰(zhàn)經(jīng)驗(yàn)的格里芬，與懷抱飛行執(zhí)念且具備特殊感知能力的鳴谷慧逐漸建立羈絆，在持續(xù)對抗災(zāi)的過程中，兩人通過共同訓(xùn)練與實(shí)戰(zhàn)突破技術(shù)限制，最終在關(guān)鍵戰(zhàn)役中以格里芬機(jī)體的極限超負(fù)荷為代價(jià)成功擊墜災(zāi)的核心目標(biāo)，同時(shí)揭示了部分阿尼瑪系統(tǒng)與人類意識(shí)深層連接的真相。