小智在旅行途中與皮卡丘失散后偶遇少年遙人，兩人結(jié)伴追尋火箭隊(duì)的蹤跡。隨著調(diào)查深入，他們發(fā)現(xiàn)火箭隊(duì)正試圖利用特殊裝置吸收寶可夢(mèng)能量激活天空之塔。遙人逐漸顯露出與火箭隊(duì)實(shí)驗(yàn)相關(guān)的異常體質(zhì)，其體內(nèi)潛藏的神秘力量成為雙方爭(zhēng)奪焦點(diǎn)。在天空之塔頂端的決戰(zhàn)中，小智與寶可夢(mèng)們合力阻止火箭隊(duì)陰謀時(shí)，遙人因能量暴走面臨生命危險(xiǎn)。最終皮卡丘通過雷電激發(fā)塔內(nèi)共鳴裝置化解危機(jī)，遙人則選擇將自己與天空之塔融合以封印危險(xiǎn)能量。小智帶著重新團(tuán)聚的皮卡丘繼續(xù)旅程，而天空之塔在晨光中化作金翅鳥雕像守護(hù)著這片遙遠(yuǎn)的藍(lán)天。