《新世紀(jì)福音戰(zhàn)士》劇場(chǎng)版第1部由"DEATH篇（死亡篇）"與"REBIRTH篇（新生篇）"構(gòu)成。前者以TV動(dòng)畫(huà)第1至24集為基礎(chǔ)，通過(guò)全新剪輯與原創(chuàng)畫(huà)面重構(gòu)敘事。后者延續(xù)TV第24集劇情：在擊敗第十七使徒后，SEELE授權(quán)EVA初號(hào)機(jī)執(zhí)行"人類補(bǔ)完計(jì)劃"，該計(jì)劃旨在通過(guò)強(qiáng)制融合全人類意識(shí)終結(jié)痛苦與分歧。但NERV司令碇元度基于個(gè)人目的（尋找妻子存在于補(bǔ)完計(jì)劃中的可能性）拒絕執(zhí)行命令。SEELE認(rèn)定其行為構(gòu)成叛變，聯(lián)合戰(zhàn)略自衛(wèi)隊(duì)對(duì)NERV總部展開(kāi)清除行動(dòng)。破曉時(shí)分的突襲造成大量人員傷亡，葛城美里為保護(hù)駕駛員采取緊急措施——安排精神崩潰的明日香搭乘二號(hào)機(jī)沉入湖底避難，同時(shí)試圖解救處于精神崩潰邊緣的碇真嗣。行動(dòng)過(guò)程中，NERV設(shè)施遭受系統(tǒng)性摧毀，暴露出SEELE與NERV長(zhǎng)期存在的理念沖突。