在參拜母親墳?zāi)沟幕爻掏局校嫠茫ňw方惠美配音）和葛城美里（三石琴乃配音）遭遇第七使徒伊斯拉斐爾的攻擊，關(guān)鍵時(shí)刻明日香（宮村優(yōu)子配音）駕駛2號(hào)機(jī)以壓倒性實(shí)力挫敗對(duì)手。與沉默寡言的綾波麗（林原惠美配音）不同，明日香自信張揚(yáng)的性格令三人相處充滿沖突與笑料。他們分別駕駛零號(hào)機(jī)、初號(hào)機(jī)和2號(hào)機(jī)，接連抵御第八使徒薩比圖爾與第九使徒朗基努斯的襲擊，在殘酷戰(zhàn)斗中逐漸萌生微妙情感。真嗣在對(duì)抗第五使徒渚薰（石田彰配音）時(shí)因精神同步失控陷入暴走狀態(tài)，導(dǎo)致零號(hào)機(jī)狂暴化并造成綾波麗為阻止災(zāi)難而犧牲。第十使徒加米艾爾以酸液形態(tài)突襲時(shí)，眾人采取分體戰(zhàn)術(shù)化解危機(jī)。隨著使徒接連降臨與同伴傷亡，真嗣對(duì)戰(zhàn)斗本質(zhì)的質(zhì)疑日益加深，而NERV內(nèi)部的秘密計(jì)劃正逐步顯現(xiàn)。本片為福音戰(zhàn)士新劇場(chǎng)版四部曲第二部，延續(xù)了原作對(duì)人性、存在主義與救贖主題的探討。