小智一行人在海上遭遇風暴后漂流至亞西亞島，正逢當地籌備慶典。圣女弗盧拉指定小智擔任慶典"指揮者"，需前往三圣島集齊象征風、雷、冰的三顆玻璃球才能開啟儀式。眾人在尋找過程中接連遭遇火箭隊阻撓與閃電鳥襲擊，神秘女子吉爾露突然現身捕獲閃電鳥，并試圖捕捉急凍鳥以實現召喚傳說寶可夢洛奇亞的計劃。當火焰鳥、閃電鳥與急凍鳥因吉爾露的挑撥爆發激烈沖突時，三圣獸的戰斗波動意外引發海嘯危機。最終洛奇亞從深海破水而出，以絕對力量震懾三圣獸平息紛爭，小智等人成功尋獲全部玻璃球并完成慶典儀式。