某小村中學里對考古具有濃厚興趣的老師八部高史(竹中直人飾)與其學生月島令子(上野めぐみ飾)在研究過程中突然失蹤,引發校園恐慌與流言四起。行為古怪的考古學家稗田禮二郎(沢田研二飾)受八部邀請來到學校,在救助其子正雄(工藤正貴飾)時,意外發現八部考察古墓期間釋放了被封印的妖怪比留子。稗田通過自主研發的妖怪探測器,在夜晚與正雄潛入學校展開調查,證實比留子系《古事記》記載的初神伊耶那岐與伊耶那美之子,其復活后開始以古墓為中心向校園蔓延血腥災厄。正雄既擔憂父親安危又牽掛暗戀對象令子,隨稗田深入追查的過程中逐漸接近真相。影片根據諸星大二郎漫畫《妖怪ハンター》改編,以民俗傳說與現代校園為背景交織展開神秘事件。