20世紀(jì)末，一種被稱為“B細(xì)胞”的物質(zhì)被發(fā)現(xiàn)存在于生物體內(nèi)，這種物質(zhì)會(huì)直接侵入生物的DNA內(nèi)部，使其產(chǎn)生異變。科學(xué)家們對(duì)這種奇妙的物質(zhì)產(chǎn)生了極大的興趣，為此進(jìn)行了多次動(dòng)物實(shí)驗(yàn)，并秘密地準(zhǔn)備將B細(xì)胞用在人體上。高中生海堂佑司在不知不覺(jué)中成為了犧牲品，也因B細(xì)胞的活性化而被診為不治之癥，進(jìn)入了精心安排下的冷凍睡眠。在這段時(shí)間內(nèi)，由于動(dòng)物體內(nèi)的B細(xì)胞無(wú)法通過(guò)冷凍來(lái)抑制，使其發(fā)生了突變?cè)鲋骋l(fā)了物種變化，兔子和小狗成為了巨大的蟲狀怪物BLUE。它們?cè)诤芏痰臅r(shí)間內(nèi)交配繁殖，并將人類當(dāng)作了自己的食物。整個(gè)世界很快就被數(shù)量龐大的BLUE所占據(jù)，只有1千萬(wàn)左右被選出的人逃到了太空殖民地“第二地球”里，而剩下的人類卻只能留在地面上被BLUE所蹂躪。若干年后，海堂佑司因冷凍裝置故障意外蘇醒，在反抗組織“草薙”幫助下得知真相，發(fā)現(xiàn)自身B細(xì)胞已與肉體共生并獲得特殊能力。為阻止BLUE的進(jìn)一步擴(kuò)散和揭開(kāi)人體實(shí)驗(yàn)陰謀，他與草薙隊(duì)長(zhǎng)及同伴們展開(kāi)行動(dòng)。最終決戰(zhàn)中，人類通過(guò)自我犧牲式的基因重組技術(shù)終止了B細(xì)胞的失控傳播，但這場(chǎng)由野心引發(fā)的災(zāi)難徹底改變了地球生態(tài)格局。不是天災(zāi)，不是蟲孽，只是人禍而已……