超音速的索尼克（本·施瓦茨配音）與塔爾斯（科琳·歐肖內希配音）、納克魯斯（伊德瑞斯·艾爾巴配音）組成三人小隊，再次展開歡樂冒險。這次他們遭遇了前所未有的勁敵——擁有混沌控制能力的黑暗刺猬夏特（基努·里維斯配音）。面對實力懸殊的局面，索尼克不得不與宿敵蛋頭博士（金·凱瑞飾）暫時聯手，共同阻止夏特企圖利用混沌翡翠毀滅世界的計劃。隨著調查深入，眾人發現夏特的復仇行動背后另有黑手操控——被封印千年的巫師伊西斯·納古斯正借夏特之手收集翡翠能量。在最終決戰中，索尼克借助綠寶石變身超級形態與夏特正面對抗，塔爾斯和納克魯斯則破解翡翠裝置切斷能量源。當夏特意識到自己被操縱的真相后，雙方暫時聯手對抗真正的威脅納古斯。危機解除后，索尼克團隊繼續踏上新的冒險旅程，而蛋頭博士則留下暗示后續陰謀的神秘裝置。