距離東京三百公里外的鳳凰島上發生馬匹踩踏致死事件，牽出杉下右京（水谷豐飾）的老搭檔神戶尊（及川光博飾）的調查任務。這座私人島嶼實為民兵組織訓練基地，該組織涉嫌秘密研發生化武器。在警察廳次長甲斐峰秋（石坂浩二飾）授意下，杉下與搭檔甲斐享（成宮寬貴飾）以調查命案為由登島，暗中搜集生化武器證據。民兵組織負責人神室司（伊原剛志飾）帶領二人組勘查現場時，杉下察覺事故存在人為操控痕跡。隨著伊丹（川原和久飾）等特命系成員介入，案件逐步揭開生化病毒泄露計劃與軍火交易黑幕。正當調查深入，掌控陰謀的甲斐峰秋突然調動自衛隊實施滅口行動。杉下團隊在千鈞一發之際聯合警方高層，通過衛星取證與現場突襲同步揭露罪證，最終挫敗生化武器危機并瓦解政商勾結的犯罪網絡。