在地勢(shì)險(xiǎn)峻的山谷腹地，勇猛果敢的神奇寶貝凱爾迪奧（中川翔子配音）追隨傳說(shuō)中的圣劍士克巴路歐（山寺宏一配音）、泰利奇歐（安元洋貴配音）、比利基恩（本田貴子配音）修行，朝著圣劍士的目標(biāo)持續(xù)努力。自不量力的凱爾迪奧不聽三位老師的忠告，貿(mào)然向龍系最強(qiáng)的神奇寶貝酋雷姆（高橋克實(shí)飾）發(fā)起挑戰(zhàn)。及至交手時(shí)才發(fā)現(xiàn)自己遠(yuǎn)遠(yuǎn)不是酋雷姆的對(duì)手，三位圣劍士奮力阻擊酋雷姆為弟子爭(zhēng)取逃脫機(jī)會(huì)。傷痕累累的凱爾迪奧落荒而逃，恰巧遇見正在修業(yè)旅行中的小智（松本梨香配音）、天桐（宮野真守配音）和艾莉絲（悠木碧配音）一行，而憤怒的酋雷姆也尾隨而至。小智等人在協(xié)助凱爾迪奧恢復(fù)信心的過(guò)程中，發(fā)現(xiàn)酋雷姆體內(nèi)存在分裂的意志。最終凱爾迪奧通過(guò)領(lǐng)悟"心之刃"絕技，在與酋雷姆的決戰(zhàn)中不僅化解了對(duì)方內(nèi)心的矛盾，更成功解救被囚禁的三位圣劍士。本片為小學(xué)館創(chuàng)立90周年的紀(jì)念之作，通過(guò)正邪對(duì)抗的敘事展現(xiàn)了成長(zhǎng)與救贖的主題。