20世紀90年代初，香江怒海，一代梟雄倪永孝（吳鎮宇飾）雄霸黑道，風頭無兩。以此為契機，青春年少的警校學生陳永仁（余文樂飾）肩負機密使命潛入黑道，從此開始了他無法回頭的黑暗人生。與此同時，精明狡猾的黑道頭目韓琛（曾志偉飾）密令弟子劉建明（陳冠希飾）考入警校，成為他日后縱橫江湖最重要的一枚棋子。轉眼十年，風云變幻。韓琛早已成為新千年的黑道霸主。一起毒品交易的攻防戰，令他和黃督察（黃秋生飾）都敏銳地察覺到"內鬼"的存在。在此之后，劉建明（劉德華飾）與陳永仁（梁朝偉飾）展開連番緊張危險的臥底角斗。經歷無數腥風血雨，在無間地獄求生、痛苦片刻不停的二人不僅面臨最終對決，還將用畢生品味命運所施加的苦果。韓琛借刀殺人布局連環，黃督察追查真相反遭暗算，陳永仁身份暴露慘死車輪之下，劉建明在血泊中自首揭開終局。