索尼克與宿敵蛋頭博士爆發激烈沖突，戰斗引發的維度震蕩導致宇宙結構瀕臨崩解。為阻止災難蔓延，索尼克被迫穿越多個平行世界，在錯亂的時空裂隙中尋找失聯的伙伴塔爾斯、納克魯斯等人。眾人發現蛋頭博士正試圖利用混沌翡翠重組多元宇宙秩序，其野心計劃與索尼克守護世界的核心信念形成尖銳對立。在時空持續坍縮的危機下，索尼克與伙伴們依托各自世界的不同能力展開協作，在維度裂縫中搶修時空節點，最終通過聯合行動削弱了博士的混沌能量核心。雖然部分維度得以修復，但仍有未解之謎與潛伏威脅暗示著后續更大的宇宙危機。