《魔法少女與惡曾是敵人。》講述了邪惡組織"阿比基姆社"的參謀官克勞斯與魔法少女艾米莉亞相遇后的命運轉折。作為以征服世界為目標的冷酷戰略家，克勞斯在初次交鋒中意外對艾米莉亞萌生愛慕之情。此后他在策劃滅殺魔法少女、研發魔力抑制裝置等邪惡計劃的同時，仍堅持為艾米莉亞遞送草莓蛋糕、在戰斗間隙關心其傷勢。這種矛盾行為導致組織內部對他的忠誠度產生質疑：當資深干部佐爾格試圖俘獲艾米莉亞時，克勞斯故意泄露囚室密碼；面對直屬部下成功捕獲的目標，他卻以"實驗體需保持活性"為由當場釋放。隨著世界支配裝置啟動日臨近，克勞斯在執行最終指令與守護愛人之間的掙扎逐漸白熱化，這場裹挾著統治野心與少女甜點的錯位攻防戰持續升級。