1991年6月29日上映的劇場版動畫《藍(lán)寶石之謎》承接電視系列結(jié)局三年后的故事，僅保留娜迪亞、讓等五名主要角色繼續(xù)登場。影片開場通過30分鐘電視版作畫回顧銜接劇情，其余時間聚焦主角們在地中海展開的新冒險。制作方面原定由GAINAX負(fù)責(zé)，但因監(jiān)督庵野秀明創(chuàng)作耗盡及預(yù)算超支問題，最終由Group Tac接手完成。故事中娜迪亞為解開自身身世之謎，在與讓的旅行途中遭遇企圖利用藍(lán)寶石能量發(fā)動戰(zhàn)爭的敵對勢力。雙方圍繞古代文明遺產(chǎn)展開爭奪，最終在鸚鵡螺號殘存成員協(xié)助下阻止了足以毀滅世界的超級武器啟動。影片通過娜迪亞對藍(lán)寶石力量的掌控，揭示了其與亞特蘭蒂斯文明滅亡間的深層關(guān)聯(lián)。