1991年6月29日上映的劇場版動畫《藍寶石之謎》承接電視系列結局三年后的故事，僅保留娜迪亞、讓等五名主要角色繼續登場。影片開場通過30分鐘電視版作畫回顧銜接劇情，其余時間聚焦主角們在地中海展開的新冒險。制作方面原定由GAINAX負責，但因監督庵野秀明創作耗盡及預算超支問題，最終由Group Tac接手完成。故事中娜迪亞為解開自身身世之謎，在與讓的旅行途中遭遇企圖利用藍寶石能量發動戰爭的敵對勢力。雙方圍繞古代文明遺產展開爭奪，最終在鸚鵡螺號殘存成員協助下阻止了足以毀滅世界的超級武器啟動。影片通過娜迪亞對藍寶石力量的掌控，揭示了其與亞特蘭蒂斯文明滅亡間的深層關聯。