明朝崇禎15年，內憂外患交織之際，大將孫傳庭（戴立忍飾）攜妻子馮氏（馮韻之飾）赴潼關抵御李自成軍隊。游醫吳又可（馮遠征飾）為求醫道精進，前往潼關拜訪師尊——藥局提領趙川（錢學格飾）。孫傳庭軍中突發瘟疫，士兵接連病亡，朝廷催戰的圣旨與豪紳顧清遠（馬精武飾）等人的盤剝中飽形成尖銳矛盾。趙川因施救無效殉職后，吳又可承接遺志，以突破傳統的"氣運說"診治方案控制疫情。兩人在危局中建立短暫信任，卻難挽狂瀾于既倒——瘟疫甫定，孫傳庭即在后續戰役中兵敗殉國；吳又可目睹朝政腐敗后，決然脫離軍營繼續游歷行醫。影片收束于亂世中個體命運的沉浮，而貫穿始終的主題曲《天機》則由小野麗莎以中文吟唱完成，成為其首度獻聲的華語作品。